Sur le site Biologeek, l’auteur nous conseille une arborescence afin d’éviter à avoir faire référence au nom de l’application lors des imports :

import sys
sys.path = ['/chemin/vers/monsuperprojet'] + sys.path

Étant feignant, je propose la même solution, mais avec un chemin dynamique :

import sys
sys.path = ['/root/django/site'] + sys.path